Общий предок и две крупные ветви амниот
Амниотическое яйцо и связанные с ним особенности размножения позволили ранним амниотам меньше зависеть от открытой воды при размножении. Их древняя радиация в позднем карбоне привела к двум большим линиям, которые сохраняются в современной фауне: Synapsida и Sauropsida. Ископаемые и филогенетические исследования помещают возникновение амниот примерно к 318 млн лет назад, но детали родства некоторых самых ранних групп продолжают пересматриваться.1
Синапсидная линия
Ранних синапсид традиционно узнавали по одному височному окну позади глазницы. Важнее, однако, их положение на эволюционном дереве. Среди синапсид появились терапсиды, затем цинодонты, внутри которых возникла линия млекопитающих. На этом пути постепенно менялись челюсти и зубы, положение конечностей, органы слуха и многие особенности физиологии. Поэтому млекопитающие не происходят от какой-либо современной группы рептилий. Они представляют собственную древнюю ветвь амниот.
Завропсидная линия
К завропсидам относятся черепахи, лепидозавры, то есть ящерицы, змеи и гаттерия, а также архозавры и их родственники. Внутри архозавров разошлись крокодиловая и птичья линии. Динозавры входят в птичью ветвь архозавров, а современные птицы являются одной из сохранившихся линий динозавров. Геномные данные современных амниот также поддерживают глубокое разделение между синапсидами, представленными млекопитающими, и завропсидами, представленными рептилиями и птицами.2
Классическая схема височных окон остаётся полезной для введения в тему, но раннеамниотная филогения показывает, что отдельные группы вторично теряли или преобразовывали эти окна. Поэтому принадлежность к Synapsida или Sauropsida определяется общей эволюционной историей, а не механическим подсчётом отверстий.1